Workflow extraction from Galaxy

These data gather a workflow (in .ga and .svg formats) with scripts correspondong to each tool of this workflow and The two files used to test the workflow works fine (Galaxy1....dat & Galaxy1.....dat). Delete lines : DeleteLines.sh ligne de commande lancée pour le workflow (les XXX.dat correspondent aux données d'entrée et sortie renommées en IDunique.dat par galaxy) : bash /opt/galaxy-dist/tools/filters/DeleteLines.sh 15 16 /opt/galaxy-dist/database/files/053/dataset_53379.dat /opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67298.dat FASTA Width : commande système via fasta_formatter.xml ligne de commande lancée pour le workflow (les XXX.dat correspondent aux données d'entrée et sortie renommées en IDunique.dat par galaxy) : zcat -f '/opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67298.dat' | fasta_formatter -w 0 -o /opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67299.dat Reverse-complement : commande système via fastx_reverse_complement.xml ligne de commande lancée pour le workflow (les XXX.dat correspondent aux données d'entrée et sortie renommées en IDunique.dat par galaxy) : zcat -f '/opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67299.dat' | fastx_reverse_complement -v -o /opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67300.dat Blastn : version que vous avez récupéré normalement (toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/ncbi_blast_plus/ncbi_blastn_wrapper/0.1.01) ligne de commande lancée pour le workflow (les XXX.dat correspondent aux données d'entrée et sortie renommées en IDunique.dat par galaxy) : blastn -query "/opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67300.dat" -subject "/opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67297.dat" -task blastn -evalue 0.1 -out "/opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67301.dat" -outfmt "6 std sallseqid score nident positive gaps ppos qframe sframe qseq sseq qlen slen salltitles" -num_threads "${GALAXY_SLOTS:-8}" -strand both -dust yes -max_target_seqs 10 Filter : filtering.py ligne de commande lancée pour le workflow (les XXX.dat correspondent aux données d'entrée et sortie renommées en IDunique.dat par galaxy) : python /opt/galaxy-dist/tools/stats/filtering.py /opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67301.dat /opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67303.dat "c3__gt__=99" 25 "str,str,float,int,int,int,int,int,int,int,float,int,str,int,int,int,int,float,int,int,str,str,int,int,str" 0 Cut : cutWrapper.pl ligne de commande lancée pour le workflow (les XXX.dat correspondent aux données d'entrée et sortie renommées en IDunique.dat par galaxy) : perl /opt/galaxy-dist/tools/filters/cutWrapper.pl /opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67303.dat "c2" T /opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67304.dat Filter fasta : get_seqs.pl ligne de commande lancée pour le workflow (les XXX.dat correspondent aux données d'entrée et sortie renommées en IDunique.dat par galaxy) : perl /opt/galaxy-dist/tools/symbiose/get_seqs.pl -db /opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67297.dat -table /opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67304.dat -col 1 -selected /opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67305.dat -unselected None Fasta to tabular : fasta_to_tabular.py ligne de commande lancée pour le workflow (les XXX.dat correspondent aux données d'entrée et sortie renommées en IDunique.dat par galaxy) : python /opt/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/devteam/fasta_to_tabular/9d189d08f2ad/fasta_to_tabular/fasta_to_tabular.py /opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67305.dat /opt/galaxy-dist/database/files/067/dataset_67306.dat 0 1